关于办理国际货运代理备案后开票是否可以免税的问题，需要从多个方面来解答。

首先，根据《中华人民共和国增值税暂行条例》的相关规定，境内单位和个人跨境销售国务院规定范围内的服务、无形资产，税率为零。国际货运代理服务属于跨境服务的一种，因此，一般情况下，国际货运代理费开票应当适用增值税零税率，而非免税。

然而，也存在某些特定情况下国际货运代理服务可能适用免税政策。例如，如果国际货运代理服务完全在境外发生，且提供服务的单位或个人未取得相关资质，那么可能适用免税政策。此外，如果境内的单位或个人以无运输工具承运方式提供的国际运输服务，也可能适用增值税免税政策。但这些免税情况属于特例，具体是否适用需要根据具体的业务情况和税收政策来确定。

另外，值得注意的是，如果纳税人提供的是无运输工具承运方式的国际运输服务，并且已经按照相关规定办理了免税备案手续，那么这项服务是免税的。同时，对于具有国际运输服务相关资质的企业，提供国际运输服务适用增值税零税率；而没有相关资质的企业，则可能适用增值税免税政策。

此外，还需要注意的是，即使国际货运代理服务适用增值税零税率或免税政策，纳税人在开票时也需要遵守相关税收法规。如果纳税人选择适用增值税零税率，那么需要开具增值税普通发票，并注明税率为零；如果纳税人选择适用免税政策，那么需要开具增值税普通发票，并注明“免税”字样。同时，纳税人还需要按照相关规定进行税收申报和缴纳工作。

综上所述，办理国际货运代理备案后开票是否可以免税取决于多种因素，包括服务类型、提供者的资质以及具体的业务情况等。因此，在实际操作中，建议相关单位或个人咨询专业的税务机构或律师，以确保准确理解和运用税收政策。

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